[解決済み] ヒートマップ作成時のエラー - 外部関数呼び出しでNA/NaN/Inf (arg 11)
2022-02-12 19:16:42
質問
データのヒートマップを作成しようとしているのですが、このエラーが表示される理由がわかりません。
私のデータです。
> dput(head(tbl_ready))
structure(c(0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0.370330677123077,
0, 0, 0, 0, 0, 0.53318856142826, 0, 0, 0, 0, 0, 0.217669675587482,
0, 0, 0, 0.79337589572453, 0, 1, 0.0132525790616207, 0, 0, 1,
0.498415470211292, 0.216961707575178, 0.0646831352678839, 0,
0, 0, 0.778625047514492, 0.165974546372072, 0.076951015613392,
0.889894091237216, 0, 0, 1, 0.129806153151281, 0.197647497443337,
1, 0, 0, 0.509023013860118, 0.159412145987791, 0.207873742711735,
0.749031133231353, 0.222918051830986, 0, 0.741479370384933, 0.133323148299248,
0.216599753666685, 0.962652293738836, 0.303065152126049, 0, 0.801394522615822,
0, 0.15864534869139, 0, 0.193050421324826, 0, 0.799048954936309,
0, 0.328823938175914, 1, 0.425065664971905, 0, 0.578904125773447,
0, 0.186228586828205, 0, 0.428641900764779, 0, 0.276948678897629,
0, 0.117434041208573, 0, 0.272644463294893, 0, 0.138614907082177,
0, 0.180927300758764, 0, 0.435388112571728, 0, 0, 0, 0.475087644525129,
0, 0.762104865898499, 0, 0, 0, 0.227200985463951, 0, 0.418218667506089,
0, 0, 0, 0.478763051110549, 0, 0.875837464800909, 0, 0, 0, 0.188429982762364,
0, 0.418218667506089, 0, 0, 0, 0.349226871785504, 0, 0.998103388096146,
0, 0, 0, 0.444963481341964, 0, 1, 0, 0, 0, 0.0670152075162316,
0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0), .Dim = c(6L, 24L), .Dimnames = list(
NULL, c("X1", "X2", "X3", "X4", "X5", "X6", "X7", "X8", "X9",
"X10", "X11", "X12", "X13", "X14", "X15", "X16", "X17", "X18",
"X19", "X20", "X21", "X22", "X23", "X24")))
ヒートマップを作成するために使用するコードです(他のデータでも動作します)。
## For all of the genes
tbl_ready <- as.matrix(tbl_for[,2:25])
mode(tbl_ready)<-"numeric"
library(gplots)
heatmap.2(tbl_ready,
Colv = NA,
scale = "none",
dendrogram = "row",
col=rainbow(256, s = 1, v = 1, start = 0, end = 2/6, alpha = 1),
density.info = "none",
trace = "none",
key = FALSE,
cexCol=0.5,
cexRow=1)
mtext(paste("ATh",""), side=3, line=-1, cex=1.5, col="black")
mtext("Size in kDa", side=1, line=3.5, cex=1.3, col="black")
問題を回避するためにNa/NaN/Infを0に置き換えてみたりもしました。
## Replacing Na by 0
is.na(tbl_ready) <- sapply(tbl_ready, is.infinite)
tbl_ready[is.na(tbl_ready)] <- 0
tbl_ready[is.nan(tbl_ready)] <- 0
が、まだエラーが表示されます。
Error in hclustfun(distfun(x)) :
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11)
解決方法は?
私も上記で提供されたサンプルデータでエラーを再現することができませんでしたが、再現したところ
tbl_ready[1,1] <- Inf
と入力して再度実行すると、同じエラーが発生しました。これは、行列の中に無限の値がある可能性が高いということです。本当に
sum(is.infinite(tbl_ready))
は、クリーニング後に0を返しますか?
関連
-
[解決済み】apply()とadply()の出力が異なる件)
-
[解決済み】エラー。Rの'break'の数が無効
-
[解決済み】RでAIC中に行数が変化するのはなぜですか?そうならないようにするにはどうしたらいいですか?
-
[解決済み】Rヒストグラムの範囲エラー:いくつかの'x'がカウントされない; 'break'が'x'の範囲に及ばないかもしれない
-
[解決済み】r Error dim(X) must have a positive length?
-
[解決済み】Rでデータフレームのサブセットをプロットする方法は?
-
[解決済み】 if/while (条件) {: TRUE/FALSEが必要な場所に値がない場合のエラー
-
[解決済み】Rで、Error: ggplot2 doesn't know how to handle of data of class numericに対処する。
-
[解決済み】 .subset2(x, i, exact = exact)のエラー:Rの添え字が範囲外である。
-
[解決済み】Rでmax.printの制限値を増やす方法
最新
-
nginxです。[emerg] 0.0.0.0:80 への bind() に失敗しました (98: アドレスは既に使用中です)
-
htmlページでギリシャ文字を使うには
-
ピュアhtml+cssでの要素読み込み効果
-
純粋なhtml + cssで五輪を実現するサンプルコード
-
ナビゲーションバー・ドロップダウンメニューのHTML+CSSサンプルコード
-
タイピング効果を実現するピュアhtml+css
-
htmlの選択ボックスのプレースホルダー作成に関する質問
-
html css3 伸縮しない 画像表示効果
-
トップナビゲーションバーメニュー作成用HTML+CSS
-
html+css 実装 サイバーパンク風ボタン
おすすめ
-
[解決済み】'builtin'型のオブジェクトはsubsetableではない【重複
-
[解決済み】RでのMLEエラー:'vmmin'の初期値が有限でない
-
[解決済み】apply()とadply()の出力が異なる件)
-
[解決済み】reshape2 meltの警告メッセージ
-
[解決済み】データのマージ - fix.by(by.x, x)のエラー)
-
[解決済み】Rのメモリ管理/サイズn Mbのベクトルを割り当てられない
-
[解決済み】「'dimnames' [1]の長さが配列の範囲と等しくない」とはどういう意味ですか?
-
[解決済み】Rの整数オーバーフローとは何ですか、そしてどのように起こるのですか?
-
[解決済み】二項演算子への非数値引数【非公開
-
[解決済み】R4DSのエラー比較(1)は、アトミック型とリスト型でのみ可能です