[解決済み】Rで、Error: ggplot2 doesn't know how to handle of data of class numericに対処する。
2022-02-16 23:05:30
質問
Rは初めてで、プログラミングもしたことがないのですが...。
標準エラーバー付きのボックスチャートを作成しようとすると、タイトルにあるエラーメッセージが表示されます。
R Cookbookで見つけたスクリプトに少し手を加えたものを使用しました。
ggplot(GVW, aes(x="variable",y="value",fill="Genotype")) +
geom_bar(position=position_dodge(),stat="identity",colour="black", size=.3)+
geom_errorbar(data=GVW[1:64,3],aes(ymin=value-seSKO, ymax=value+seSKO), size=.3, width=.2, position=position_dodge(.9))+
geom_errorbar(data=GVW[65:131,3],aes(ymin=value-seSWT, ymax=value+seSWT), size=.3, width=.2, position=position_dodge(.9))+
geom_errorbar(data=GVW[132:195,3],aes(ymin=value-seEKO, ymax=value+seEKO), size=.3, width=.2, position=position_dodge(.9))+
geom_errorbar(data=GVW[196:262,3],aes(ymin=value-seEWT, ymax=value+seEWT), size=.3, width=.2, position=position_dodge(.9))+
xlab("Time")+
ylab("Weight [g]")+
scale_fill_hue(name="Genotype", breaks=c("KO", "WT"), labels=c("Knock-out", "Wild type"))+
ggtitle("Effect of genotype on weight-gain")+
scale_y_continuous(breaks=0:20*4) +
theme_bw()
Data<- data.frame(
Genotype<- sample(c("KO","WT"), 262, replace=T),
variable<- sample(c("Start","End"), 262, replace=T),
value<- runif(262,20,40)
)
names(Data)[1] <- "Genotype"
names(Data)[2] <- "variable"
names(Data)[3] <- "value"
解決方法は?
このエラーは、数値ベクトルを
data
で
geom_errorbar
:
GVW[1:64,3]
.
ggplot
のみで動作します。
data.frame
.
一般に、サブセットは
ggplot
の呼び出しがあります。標準エラーが4つの別々のオブジェクトに保存されているため、そうしているのでしょう。それらを元の
data.frame
を実行すれば、1回の呼び出しですべてをプロットできるようになります。
ここでは
dplyr
というソリューションを用いて、データを要約し、あらかじめ標準誤差を計算しておきます。
library(dplyr)
d <- GVW %>% group_by(Genotype,variable) %>%
summarise(mean = mean(value),se = sd(value) / sqrt(n()))
ggplot(d, aes(x = variable, y = mean, fill = Genotype)) +
geom_bar(position = position_dodge(), stat = "identity",
colour="black", size=.3) +
geom_errorbar(aes(ymin = mean - se, ymax = mean + se),
size=.3, width=.2, position=position_dodge(.9)) +
xlab("Time") +
ylab("Weight [g]") +
scale_fill_hue(name = "Genotype", breaks = c("KO", "WT"),
labels = c("Knock-out", "Wild type")) +
ggtitle("Effect of genotype on weight-gain") +
scale_y_continuous(breaks = 0:20*4) +
theme_bw()
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