ISO Cではポインタと整数の比較は禁止されています [-fpermissive] 。

エラーコードです。
S = "a###c"です。

if(S[i] == "#"){
    if(s.length()! =0)
        s.pop_back();
}

例外が発生しました。ISO C はポインタと整数の比較を禁止しています [-fpermissive] 。
意味：ポインタと整数の比較エラー。ポインタと整数の比較は禁止されています。
S[i]は文字、"#"は文字列の先頭アドレスを表します。

訂正します。

if(S[i] == '#'){
//compare characters with each other
    if(s.length()! =0)
        s.pop_back();
}