I encountered The markup in the document following the root element must be well-formed.

web.xmlファイルを書き込む際に以下のエラーが発生します。

一見すると、何の問題もないように思えるのですが

実は、問題は <web-app> の末尾にあるのです /。

この / 記号は終了タグを表します。

解決策

から/を削除します。

そして、あなたが書きたいことを書いてください

最後にタグを終了させることだけは忘れないようにしましょう。