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[解決済み] Shinyアプリで作成したプロットを保存する方法

2023-02-21 09:48:13

質問

shinyでプロットを保存するためにdownloadButtonを使用する方法を見つけようとしています。パッケージの例では downloadButton/downloadHandler を使って.csvを保存しています。私はそれに基づいて再現可能な例を作るつもりです。

については ui.R

shinyUI(pageWithSidebar(
  headerPanel('Downloading Data'),
  sidebarPanel(
selectInput("dataset", "Choose a dataset:", 
            choices = c("rock", "pressure", "cars")),
    downloadButton('downloadData', 'Download Data'),
    downloadButton('downloadPlot', 'Download Plot')
  ),
  mainPanel(
    plotOutput('plot')
  )
))

については server.R

library(ggplot2)
shinyServer(function(input, output) {
  datasetInput <- reactive({
    switch(input$dataset,
           "rock" = rock,
           "pressure" = pressure,
           "cars" = cars)
  })
  
  plotInput <- reactive({
    df <- datasetInput()
    p <-ggplot(df, aes_string(x=names(df)[1], y=names(df)[2])) +
      geom_point()
  })
  
  output$plot <- renderPlot({
    print(plotInput())
  })
  
  output$downloadData <- downloadHandler(
    filename = function() { paste(input$dataset, '.csv', sep='') },
    content = function(file) {
      write.csv(datatasetInput(), file)
    }
  )
  output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function() { paste(input$dataset, '.png', sep='') },
    content = function(file) {
      ggsave(file,plotInput())
    }
  )
})

この質問に答えている方は、おそらく慣れていると思いますが、これを動作させるには、上記を別々のスクリプトに保存して( ui.Rserver.R をフォルダ ( foo )にコピーします。shinyアプリを実行するには runApp("foo") .

使用方法 ggsave を使用すると、以下のようなエラーメッセージが表示されます。 ggsave を使用することはできません。 filename 関数を使用することができます(と思います)。標準のグラフィックデバイス(下のような)を使用すると Download Plot はエラーなしで動作しますが、グラフィックは書き込まれません。

プロットを書くためにdownloadHandlerを動作させるための任意のヒントは、感謝されます。

どのように解決するのですか?

この質問がまだ有効かどうかは分かりませんが、"saving plots in shiny app"を検索したときに最初に出てきたものなので、元の質問の線に沿って、ggsaveをdownloadHandlerで動作させる方法をすぐに追加したいと思いました。

ggsaveの代わりに直接出力を使用するjubaによって提案された代替戦略、およびalexwhan自身によって提案された代替戦略は、両方とも素晴らしい動作をします。)

alexwhan によって報告された問題は、ggsave がファイル拡張子を正しいグラフィック デバイスに一致させようとすることが原因です。しかし、一時ファイルには拡張子がないため、マッチングに失敗します。この問題は ggsave 関数呼び出しでデバイスを具体的に設定することで解決できます。

output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function() { paste(input$dataset, '.png', sep='') },
    content = function(file) {
        device <- function(..., width, height) grDevices::png(..., width = width, height = height, res = 300, units = "in")
        ggsave(file, plot = plotInput(), device = device)
    }
)

この呼び出しは基本的に device 関数で png その ggsave は内部で割り当てを行います。 ggsave 関数の構文を見てください。 jpg , pdf など)。おそらく、理想的には、ファイル拡張子 (ファイル名と異なる場合 - ここでは一時ファイルの場合) を ggsave パラメータとして指定することもできますが、 このオプションは現在のところ ggsave .


自己完結型の最小限の動作例です。

library(shiny)
library(ggplot2)
runApp(list(
  ui = fluidPage(downloadButton('foo')),
  server = function(input, output) {
    plotInput = function() {
      qplot(speed, dist, data = cars)
    }
    output$foo = downloadHandler(
      filename = 'test.png',
      content = function(file) {
        device <- function(..., width, height) {
          grDevices::png(..., width = width, height = height,
                         res = 300, units = "in")
        }
        ggsave(file, plot = plotInput(), device = device)
      })
  }
))

sessionInfo()
# R version 3.1.1 (2014-07-10)
# Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
# 
# locale:
#  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
#  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
#  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
#  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
#  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
# [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
# 
# attached base packages:
# [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
# 
# other attached packages:
# [1] ggplot2_1.0.0 shiny_0.10.1 
# 
# loaded via a namespace (and not attached):
#  [1] bitops_1.0-6     caTools_1.17     colorspace_1.2-4 digest_0.6.4    
#  [5] formatR_1.0      grid_3.1.1       gtable_0.1.2     htmltools_0.2.6 
#  [9] httpuv_1.3.0     labeling_0.2     MASS_7.3-34      munsell_0.4.2   
# [13] plyr_1.8.1       proto_0.3-10     Rcpp_0.11.2      reshape2_1.4    
# [17] RJSONIO_1.3-0    scales_0.2.4     stringr_0.6.2    tools_3.1.1     
# [21] xtable_1.7-3    

更新情報

ggplot2バージョン2.0.0以降では ggsave 関数が文字入力をサポートするようになりました。 device つまり、downloadHandler によって作成された一時ファイルを ggsave を直接呼び出すことで保存できるようになりました。 "pdf" (と指定することで(デバイス関数を渡すのでなく)。これにより、上記の例は次のように単純化されます。

output$downloadPlot <- downloadHandler(
    filename = function() { paste(input$dataset, '.png', sep='') },
    content = function(file) {
        ggsave(file, plot = plotInput(), device = "png")
    }
)