[解決済み】randomForestの実行予測で「NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 7)」をなくすには?
2022-02-17 14:49:52
質問
いろいろ調べてみましたが、解決策が見つかりませんでした。私は以下のようにデータセットをクリーニングしました。
library("raster")
impute.mean <- function(x) replace(x, is.na(x) | is.nan(x) | is.infinite(x) ,
mean(x, na.rm = TRUE))
losses <- apply(losses, 2, impute.mean)
colSums(is.na(losses))
isinf <- function(x) (NA <- is.infinite(x))
infout <- apply(losses, 2, is.infinite)
colSums(infout)
isnan <- function(x) (NA <- is.nan(x))
nanout <- apply(losses, 2, is.nan)
colSums(nanout)
予測アルゴリズムを実行すると問題が発生します。
options(warn=2)
p <- predict(default.rf, losses, type="prob", inf.rm = TRUE, na.rm=TRUE, nan.rm=TRUE)
どの研究でも、データにはNAかInfかNaNがあるはずだと言っていますが、私は何も見つけられません。私はデータとrandomForestの要約を[deleted]でスルーチングできるようにしています。 トレースバックではあまりわからない(とにかく私には)。
4: .C("classForest", mdim = as.integer(mdim), ntest = as.integer(ntest),
nclass = as.integer(object$forest$nclass), maxcat = as.integer(maxcat),
nrnodes = as.integer(nrnodes), jbt = as.integer(ntree), xts = as.double(x),
xbestsplit = as.double(object$forest$xbestsplit), pid = object$forest$pid,
cutoff = as.double(cutoff), countts = as.double(countts),
treemap = as.integer(aperm(object$forest$treemap, c(2, 1,
3))), nodestatus = as.integer(object$forest$nodestatus),
cat = as.integer(object$forest$ncat), nodepred = as.integer(object$forest$nodepred),
treepred = as.integer(treepred), jet = as.integer(numeric(ntest)),
bestvar = as.integer(object$forest$bestvar), nodexts = as.integer(nodexts),
ndbigtree = as.integer(object$forest$ndbigtree), predict.all = as.integer(predict.all),
prox = as.integer(proximity), proxmatrix = as.double(proxmatrix),
nodes = as.integer(nodes), DUP = FALSE, PACKAGE = "randomForest")
3: predict.randomForest(default.rf, losses, type = "prob", inf.rm = TRUE,
na.rm = TRUE, nan.rm = TRUE)
2: predict(default.rf, losses, type = "prob", inf.rm = TRUE, na.rm = TRUE,
nan.rm = TRUE)
1: predict(default.rf, losses, type = "prob", inf.rm = TRUE, na.rm = TRUE,
nan.rm = TRUE)
解決するには?
あなたのコードは完全に再現可能なものではありません(実際の
randomForest
アルゴリズム)ですが、あなたは
ではなく
を置き換えます。
Inf
の値を列ベクトルの平均値に置き換える。これは
na.rm = TRUE
mean()
impute.mean
NA
Inf
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