[解決済み】R on MacOS Error: vector memory exhausted (limit reached?)
2021-12-28 02:17:19
質問内容
BioconductorのパッケージSlingshotの"getLineages"関数を使ってRスクリプトを書くと、エラー "vector memory exhausted (limit reached?)" が発生しました。
しかし、データの大きさはたったの〜120mbです。
私はStackoverflowでいくつかの応答をチェックアウトし、ほとんどの場合、Rの64ビットバージョンに切り替えることを提案します。
どのように解決するのですか?
Rstudioを使用している方は、設定することで
Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)
は、StackOverflow の複数の投稿で提案されているように、コマンドラインでのみ機能し、Rstudio を使用中にそのパラメータを設定しても、このエラーを防止することはできないようです。
Error: vector memory exhausted (limit reached?)
さらに読み進めていくと これ というスレッドがあり、Rstudioの問題点を明らかにし、解決策を以下のように示しています。
ステップ1:ターミナルを開く。
ステップ2:
cd ~
touch .Renviron
open .Renviron
ステップ3: 以下を最初の行として保存し
.Renviron
:
R_MAX_VSIZE=100Gb
注:この制限は物理メモリと仮想メモリの両方を含みます。したがって、16Gbの物理メモリを持つマシンで_MAX_VSIZE=16Gbを設定しても、このエラーを防ぐことができない場合があります。マシンのスペックによっては、このパラメータを調整する必要があるかもしれません。
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