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[解決済み] R install.packages は "ロックディレクトリの作成に失敗しました" を返します。

2023-04-27 19:48:47

質問

Rcppパッケージをダウンロードすると、このエラーが発生します。

> install.packages("Rcpp", dependencies=TRUE)
Installing package(s) into ‘/home/me/src/Rlibs’ (as ‘lib’ is unspecified)
trying URL 'http://cran.us.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.10.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 2380089 bytes (2.3 Mb)
...
Warning in dir.create(lockdir, recursive = TRUE) :
  cannot create dir '/home', reason 'Permission denied'
ERROR: failed to create lock directory ‘/home/me/src/Rlibs/00LOCK-Rcpp’
...

私のマシンはコンピュータクラスタ上にあるので、異なるノードで試しましたが、/tmpにダウンロードされた一時ファイルを削除するように気をつけました。不思議なのは、私は/home/me/src/Rlibs/に書き込む権利を持っていることです。だから私の質問は、です。

  1. R は /home/me/ にのみ書き込み権限が必要なのに、なぜ /home に書き込み権限を持ちたがるのでしょうか?
  2. どのようにしたらこのエラーを修正できますか?

> sessionInfo()
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
 [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_2.15.2

どのように解決するのですか?

NFS ファイル システムでは、どのようなものを閉じなければならないのかがわからないことがあります。

これを避ける最良の方法は、ファイルシステム上で --no-lock 引数をコマンドラインで指定することです、つまり

R CMD INSTALL --no-lock <pkg>

Rの中から、コマンドを使用して行うことができます。

install.packages("Rcpp", dependencies = TRUE, INSTALL_opts = '--no-lock')