[解決済み] PythonでHDF5ファイルを読み込む方法

質問

Pythonでhdf5ファイルからデータを読み込もうとしています。hdf5ファイルを読み込むには h5py を使って読むことができますが、ファイル内のデータにアクセスする方法がわかりません。

私のコード

import h5py    
import numpy as np    
f1 = h5py.File(file_name,'r+')    

これは動作し、ファイルは読み込まれます。しかし、どのようにファイルオブジェクトの中のデータにアクセスすることができるのでしょうか？ f1 ?

どのように解決するのですか？

HDF5を読む

import h5py
filename = "file.hdf5"

with h5py.File(filename, "r") as f:
    # List all groups
    print("Keys: %s" % f.keys())
    a_group_key = list(f.keys())[0]

    # Get the data
    data = list(f[a_group_key])

HDF5を書き込む

import h5py

# Create random data
import numpy as np
data_matrix = np.random.uniform(-1, 1, size=(10, 3))

# Write data to HDF5
with h5py.File("file.hdf5", "w") as data_file:
    data_file.create_dataset("group_name", data=data_matrix)

参照 h5py docs を参照してください。

代替案

• JSON: 人間が読めるデータを書くのに適しています。非常によく使われる ( 読み出しと書き込み )
• CSV：超簡単なフォーマット( 読み出しと書き込み )
• pickle Pythonのシリアライズフォーマット( 読み出しと書き込み )
• メッセージパック ( Python パッケージ ): よりコンパクトな表現 ( 読み出しと書き込み )
• HDF5 ( Python パッケージ ): 行列に最適 ( 読み出しと書き込み )
• XML: も存在する *sigh* ( 読む &です。 書き込み )

あなたのアプリケーションでは、以下が重要かもしれません。

• 他のプログラミング言語によるサポート
• 読み出し/書き込み性能
• コンパクト性 (ファイルサイズ)

こちらもご覧ください。 データシリアライズ形式の比較

設定ファイルを作成する方法を探しているのであれば、私の短い記事 Pythonでの設定ファイル