[解決済み] Pheatmap注釈の色と枠線

質問

シートマップ library(pheatmap) 取る annotation_colors を使って、各ヒートマップカラムの上部にヘッダーIDの色を追加しています。

列のヘッダー色に白を追加し、ボーダーを付けたい。 ボーダーは border_color が、この関数はヒートマップ全体にもボーダーを描画します。

以下は、これまで私が行ってきたことです。

library(pheatmap)   
set.seed(123)
df<-data.frame( matrix(sample(30), ncol = 5))
colnames(df)<-LETTERS[1:5]
subj<-c("P1", "P2","P3", "T1", "T2","T3")
rownames(df)<-subj
aka2 = data.frame(ID = factor(rep(c("Pat","Trea"), each=3)))
rownames(aka2)<-subj
aka3 = list(ID = c(Pat = "white", Trea="blue"))
pheatmap(t(scale(df)),
         annotation_col = aka2, 
         annotation_colors = aka3[1],
         annotation_legend = FALSE,
         gaps_col =  3,
         show_colnames = T, show_rownames = T, cluster_rows = F, 
         cluster_cols = F, legend = TRUE, 
         clustering_distance_rows = "euclidean", border_color = FALSE)

解決方法は？

私は grid 関数を使用して、該当するgrobを編集します。

library(pheatmap)   
set.seed(123)
df<-data.frame( matrix(sample(30), ncol = 5))
colnames(df)<-LETTERS[1:5]
subj<-c("P1", "P2","P3", "T1", "T2","T3")
rownames(df)<-subj
aka2 = data.frame(ID = factor(rep(c("Pat","Trea"), each=3)))
rownames(aka2)<-subj
aka3 = list(ID = c(Pat = "white", Trea="blue"))

pheatmap(t(scale(df)),
         annotation_col = aka2, 
         annotation_colors = aka3[1],
         annotation_legend = FALSE,
         gaps_col =  3,
         show_colnames = T, show_rownames = T, cluster_rows = F, 
         cluster_cols = F, legend = TRUE, 
         clustering_distance_rows = "euclidean", border_color = FALSE)

# Edit the relevant grob
library(grid)
grid.ls(grid.force()) # "col_annotation" looks like it's the one to edit
grid.gedit("col_annotation", gp = gpar(col="grey70"))

適用する grid.gget("col_annotation")$gp を元のヒートマップに適用すると、以下のようになります。 col_annotation があります。 gp スロットに fill が設定されているが col . 編集後、両方の fill と col が設定されます。