特定の塩基比を持つランダムな配列を生成するための perl コード
2022-02-02 05:45:40
方法1 (モジュールなし, by agonyr)
コピーコード
コードは以下の通りです。
#! /usr/bin/perl -w
use strict;
my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );
my $length = 10000;
undef my %hash;
$hash{"A"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"C"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"G"} = int( $length * 0.2 );
$hash{"T"} = int( $length * 0.2 );
my $i = 0;
while ( $i 《 $length ) {
my $word = $seq[ rand(@seq) ];
if ( $hash{$word} ) {
print "$word";
$i++;
}
$hash{$word}--;
}
print "n";
方法2(モジュールを使用、by yixf)
コピーコード
コードは以下の通りです。
#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use BioX::SeqUtils::RandomSequence;
my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-"new(
{
l =" 10000,
s =" 1,
y =" "dna",
a =" 3,
c =" 3,
g =" 2,
t =" 2
}
);
print $randomizer-"rand_seq(), "n";
2つの方式の比較
長さを10000、ACGTの比率を3:3:2:2に設定します。
コピーコード
コードは以下の通りです。
withoutModule Length=10000 GC=49.42% A=2558,C=2503,G=2439,T=2500,Others=0
withModule Length=10000 GC=50.00% A=3000,C=3000,G=2000,T=2000,Others=0
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