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特定の塩基比を持つランダムな配列を生成するための perl コード

2022-02-02 05:45:40

方法1 (モジュールなし, by agonyr)

コピーコード コードは以下の通りです。

#! /usr/bin/perl -w
use strict;
my @seq = ( "A", "T", "C", "G" );
my $length = 10000;
undef my %hash;
$hash{"A"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"C"} = int( $length * 0.3 );
$hash{"G"} = int( $length * 0.2 );
$hash{"T"} = int( $length * 0.2 );
my $i = 0;
while ( $i 《 $length ) {
    my $word = $seq[ rand(@seq) ];
    if ( $hash{$word} ) {
        print "$word";
        $i++;
    }
    $hash{$word}--;
}
print "n";

方法2(モジュールを使用、by yixf)

コピーコード コードは以下の通りです。

#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use BioX::SeqUtils::RandomSequence;
my $randomizer = BioX::SeqUtils::RandomSequence-"new(
    {
        l =" 10000,
        s =" 1,
        y =" "dna",
        a =" 3,
        c =" 3,
        g =" 2,
        t =" 2
    }
);
print $randomizer-"rand_seq(), "n";

2つの方式の比較

長さを10000、ACGTの比率を3:3:2:2に設定します。

コピーコード コードは以下の通りです。

withoutModule Length=10000 GC=49.42% A=2558,C=2503,G=2439,T=2500,Others=0
withModule Length=10000 GC=50.00% A=3000,C=3000,G=2000,T=2000,Others=0