NDk は、-fn-rtti で許可されていない dynamic_cast で google protobuf をコンパイルします。

rttiが使用されていないことが原因です

rtti は ndk でサポートされるようになりましたが、デフォルトのコンパイルオプションはサポートされません。

そのため、mk ファイルに追加する必要があります。

LOCAL_CPPFLAGS += -frtti

http://dev.10086.cn/cmdn/wiki/index.php?doc-view-7272.html を参照することができます。